Nuevo paso hacia el genoma de los 1.000 dólares

Impulsados por el deseo de alcanzar un genoma por 1.000 dólares,
investigadores de una empresa biotecnológica de EE UU han desarrollado
una nueva y barata tecnología de secuenciación de ADN basada en el uso
de semiconductores. Los detalles se publican en el último número de la
revista Nature.

El nuevo secuenciador de ADN. Imagen: Ion Torrent.

Fuente SINC.

Madrid, 26.07.2011. Los tiempos y los costes del proceso de
secuenciación del ADN se han ido reduciendo en los últimos años, y el
‘santo grial’ de la genómica, el genoma de los 1.000 dólares, está cada
vez más cerca. Esa es la meta a la que se dirigen los científicos que
esta semana informan en Nature sobre una nueva tecnología de secuenciación.

Más de 40 miembros de una empresa de biotecnología estadounidense firman
un artículo en el que presentan un dispositivo de secuenciación que, a
diferencia de otros, no depende de medios ópticos para captar la
información del ADN, sino que emplea un sistema de semiconductores o ion chips.

“Aunque está lejos de secuenciar un genoma humano completo por 1.000
dólares, en conjunto se trata de un avance muy positivo”, valora a SINC
Fernando Carrasco, director técnico del Servicio de Genómica del Centro
de Biología Molecular “Severo Ochoa” (CSIC-UAM).

Los semiconductores detectan los protones (iones de hidrógeno con carga
eléctrica positiva) que se emiten durante la reacción química de
secuenciación. Aplicando este principio se emplean los chips, cuya
producción a gran escala es muy barata, ya que son desechables, de bajo
costo y no requieren de la óptica de lectura.

El ‘club de las next-next’ Dentro de la genómica, una de las áreas tecnológicas que más rápidamente evoluciona es la denominada next-generation sequencing (secuenciación de nueva generación o secuenciación masiva). Se trata de un conjunto de tecnologías que permiten, entre otras muchas aplicaciones, secuenciar los genomas de los diferentes organismos, incluido el del hombre. La rapidez en los avances en este campo es tal que ya se habla de la next-next generation sequencing, es decir, una nueva generación de tecnologías de secuenciación masiva cuya puesta en marcha se solapa con las que apenas llevan cinco años disponibles. El dispositivo que se describe en Nature pertenece al nuevo ‘club de las next-next’.

“Esto permitirá que el acceso a la nueva tecnología y a sus aplicaciones
tenga un coste comparativamente bajo respecto a otras del mercado
(Roche-454, Illumina, SOLiD)”, destaca Carrasco, aunque también apunta
sus limitaciones: “El nivel de productividad (el número y longitud de
secuencias de ADN obtenidas por chip) es sensiblemente inferior al de
las otras plataformas”.

El nuevo equipo es de pequeño tamaño, portátil, se puede utilizar en
cualquier laboratorio estándar y sus creadores han anunciado que se
seguirá actualizando. En cualquier caso los investigadores ya lo han
aplicado con éxito para secuenciar tres genomas bacterianos y uno
completo humano (el de G.Moore).

En cualquier caso, de momento parece que su campo de aplicación se
centrará en la secuenciación de pequeños genomas, como los de virus y
bacterias, y regiones concretas del genoma humano, como aquellas con
genes cuyas mutaciones predisponen a padecer determinadas enfermedades.
Una de las principales aplicaciones de la secuenciación del ADN es la
investigación biomédica, en campos como el cáncer o las enfermedades
infecciosas, además de en otras áreas como la paleontología y la
ecología.

“Las prestaciones de esta tecnología se complementarán con las de otros
equipos disponibles para seguir avanzando tanto en la investigación
genómica en general como en la búsqueda de una medicina cada vez más
personalizada mediante la caracterización genética del paciente”, señala
Carrasco.

Referencia bibliográfica
Jonathan M. Rothberg et al. “An integrated semiconductordevice enabling non-optical genome sequencing”. Nature 475 (7356), 21 de Julio de 2011. DOI: 10.1038/nature10242.

Fuente
SINC.

Fotografía
Foto: Ion Torrent | SINC.
Foto: Nature.